A Universidade Federal do Maranhão tem sua origem na antiga Faculdade de Filosofia de São Luís do Maranhão, fundada em 1953, por iniciativa da Academia Maranhense de Letras, da Fundação Paulo Ramos e da Arquidiocese de São Luís. Embora inicialmente sua mantenedora fosse aquela Fundação, por força da Lei Estadual n.º 1.976 de 31/12/1959 dela se desligou e, posteriormente, passou a integrar a Sociedade Maranhense de Cultura Superior- SOMACS, que fora criada em 29/01/1956 com a finalidade de promover o desenvolvimento da cultura do Estado, inclusive criar uma Universidade Católica.

A Universidade então criada, fundada pela SOMACS em 18/01/1958 e reconhecida como Universidade livre pela União em 22/06/1961, através do Decreto n.º 50.832, denominou-se Universidade do Maranhão, sem a especificação de católica no seu nome, congregando a Faculdade de Filosofia, a Escola de Enfermagem 'São Francisco de Assis' (1948), a Escola de Serviço Social (1953) e a Faculdade de Ciências Médicas (1958).

Posteriormente, o então Arcebispo de São Luís e Chanceler da Universidade, acolhendo sugestão do Ministério da Educação e Cultura, propõe ao Governo Federal a criação de uma Fundação oficial que passasse a manter a Universidade do Maranhão, agregando ainda a Faculdade de Direito (1945), a Escola de Farmácia e Odontologia (1945) - instituições isoladas federais e a Faculdade de Ciências Econômicas (1965) - instituição isolada particular.

Assim foi instituída, pelo Governo Federal, nos termos da Lei n.º 5.152, de 21/10/1966 (alterada pelo Decreto Lei n.º 921, de 10/10/1969 e pela Lei n.º 5.928, de 29/10/1973), a Fundação Universidade do Maranhão – FUM, com a finalidade de implantar progressivamente a Universidade do Maranhão.

A administração da Fundação Universidade do Maranhão ficou a cargo de um Conselho Diretor, composto de seis membros titulares e dois suplentes, nomeados pelo Presidente da República, que entre si elegeram seu primeiro Presidente e Vice-Presidente.

O primeiro Conselho Diretor, a quem coube as providências preliminares da implantação da Universidade, foi assim constituído: Prof. Clodoaldo Cardoso, Presidente; Prof. Raymundo de Mattos Serrão, Vice-Presidente; Cônego José de Ribamar Carvalho, Prof. José Maria Cabral Marques, Dr. José Antonio Martins de Oliveira Itapary e Sr. Francisco Guimarães e Souza (substituído, por renúncia, pelo Prof. Orlando Lopes Medeiros) e suplentes Cônego Benedito Ewerton Costa e Prof. Joaquim Serra Costa.

O Decreto n.º 59.941, de 06/01/1967, aprovou o Estatuto da Fundação, cuja criação se formalizou com a escritura pública de 27/01/1967, registrada no cartório de notas do 1º Ofício de São Luís. Por fim, em lista tríplice votada pelo Conselho Universitário, foram eleitos, pelo Conselho Diretor, os primeiros dirigentes da nova Universidade, cuja posse se realizou no dia 01/05/1967. Foram eles o Prof. Pedro Neiva de Santana, Reitor; o Prof. Mário Martins Meireles, Vice-Reitor Administrativo e o Cônego José de Ribamar Carvalho, Vice-Reitor Pedagógico, isso de conformidade com o projeto do Estatuto da Universidade, já aprovado pelo Conselho Diretor e posto em execução, como norma provisória, até sua homologação e aprovação pelas autoridades competentes, o que só ocorreu em 13/08/1970 pelo Decreto Lei n.º 67.047 e Decreto n.º 67.048.

Em 14 de novembro de 1972, na gestão do Reitor Cônego José de Ribamar Carvalho, foi inaugurada a primeira unidade do Campus do Bacanga, o prédio 'Presidente Humberto de Alencar Castelo Branco'; a partir daí, a mudança da Universidade para o seu campus tornou-se irreversível.

A história da Universidade Federal do Maranhão, suas relíquias e seus tesouros patrimoniais e arquitetônicos, estão devidamente catalogados e em exposição permanente no Memorial Cristo Rei, térreo da Reitoria, na Praça Gonçalves Dias.

O Palácio Cristo Rei (foto), sede da Reitoria da UFMA, um marco da arquitetura colonial de São Luís, foi construído em 1877. Seus primeiros proprietários pertenciam a uma tradicional família maranhense que, mais tarde, o doaram para o Clero, transformando-se na primeira sede da Diocese da capital maranhense, abrigando mais tarde a antiga Faculdade de Filosofia. Apesar de ter parte de sua estrutura destruída por um incêndio, em 1991, o Palácio Cristo Rei foi totalmente recuperado, sendo hoje um símbolo da antiga arquitetura maranhense.

Com mais de cinco décadas de existência, a UFMA tem contribuído, de forma significativa, para o desenvolvimento do Estado do Maranhão, formando profissionais nas diferentes áreas de conhecimento em nível de graduação e pós-graduação, empreendendo pesquisas voltadas aos principais problemas do Estado e da Região, desenvolvendo atividades de extensão abrangendo ações de organização social, de produção e inovações tecnológicas, de capacitação de recursos humanos e de valorização da cultura.