A Diretoria de Pesquisa (DPQ) está submetida à AGEUFMA, sendo responsável por gerir a política de Pesquisa, a partir do desenvolvimento de projetos de pesquisa e de iniciação científica, iniciação tecnológica e inovação, e iniciação científica no ensino médio, no âmbito da UFMA. Possui duas coordenações, a Coordenação de Projetos de Pesquisa (CPP) e a Coordenação de Programas de Iniciação Científica e Tecnológica (CPICT), que trabalham de forma articulada pelo desenvolvimento e melhoria dos níveis de qualidade da pesquisa da instituição.